小动物CT是一种结合了影像学检查无创性和组织学检测高分辨率特点的技术，由于骨骼与其它身体组织在X射线衰减性能方面有相对明显差别，因此Micro CT特别适合骨骼成像，骨骼参数的研究也是MicroCT的重要应用领域。 骨由骨质、骨膜、骨髓、骨的血管、淋巴管和神经构成。在Micro CT中，可对骨质部分进行深入的形态学分析和研究。骨质分密质和松质：骨密质配布于骨的表面，也称皮质骨；骨松质由骨小梁排列而成，配布于骨的内部，骨小梁的排列与骨所承受的压力和张力的方向一致，因而能承受较大的重量。骨髓腔和松质间隙内充填有骨髓。
借助影像处理软件，可在小动物CT的扫描成像图上选择感兴趣区域（region of interest，ROI）做阈值分割等操作，可以将皮质骨和松质骨进行分割，分别提取到不同组织区域，从而对皮质骨和松质骨（骨小梁）的各种形态学特性进行研究和分析，得到表征骨骼生长和发育水平的参数。
小动物CT是定量化的核医学影像工具，为研究药代动力学提供了无创方法。可在PET图像中测量每个器官中的药物浓度随时间变化的曲线，因而能够动态地、定量地从分子水平观察药物在活体内的吸收、分布、代谢、排泄等过程。可以观测药物是否穿越血脑屏障，是否有器官特异性的聚集，是否识别靶受体以及血浆与组织中药物含量比值，适时监测动物生理、生化过程及各种药物作用于疾病进程的效果。因此，小动物CT是预临床领域*的必要工具。
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