PCR仪的反应包括三个主要步骤

热盖——现在的PCR仪一般均配备热盖，热盖温度设为105℃，使样本管顶部的温度达到105℃左右，蒸发的反应液就不会产生凝集在管盖上而改变反应体积，这样用户就无需再向反应管内加石蜡油，直接减少后继反应的麻烦。如果是旋转加压的热盖就要特别小心，因为压力到达时没有明显的提示，用户需要根据经验将热盖旋到合适位置，不太容易掌握。如果过松，热盖没有充分接触反应管而影响结果；如果过紧，则会导致反应管变形，甚至可能造成热盖的机械故障。*新的ESP技术是指热盖加热时不接触样本管，避免加热样本管导致非特异产物，等加热到设定温度后热盖下降，将样本管压入加热模块，下降时间和压力都由电子控制。  

样本基座——PCR仪反应多在0.2或者0.5的管子中进行，多数PCR仪也配备了区别的可更换样本槽适配区别的样本管。eppendorf有一个有趣的设计，一个槽内带有0.2和0.5两种区别样本孔，不需更换基座就可分别使用两种区别的反应管，或者96孔板，加原位适配器就可变成原位PCR了。避免了换基座的麻烦。当然区别的反应管不可同时使用的，因为高度区别，热盖不能作用。ABI的9700就可更换区别的样本槽，样本槽系列扩增到从0.5到标准96孔，到双384孔板，分别适合区别的需要，相当灵活。  

软件——新的PCR仪都比较注重程序编写的简易性。大屏幕，显示实时信息，***，记忆存储多个程序、自动断电保护等都有助于实验室中的复杂环境使用。程序储存方面，有人觉得储存程序的多少似乎意义不太大，但是对于实验人员多、PCR仪每天运作频繁的实验室来说，每个使用者独立储存自定义的PCR程序，确实能方便下一次的调用，会节约一些时间。